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NCBI主页
如要限定字段检索; 字段标识符的全称如下: WORD=Text Word, TITL=Title Word, MESH=Mesh Term, MAJR=MeSH Major Topic, AUTH=Author Name, JOUR=Journal Name, ECNO=EC/RN Number, GENE=Gene Name, DATE=Publication Year, PDAT=Publication/Creation Date, MDAT=Modification Date, PAGE=First Page, VOL=Volume, KYWD=Keyword, ORGN=Organism, ACCN=Accession Number, PROT=Protein Name, SUBS=Substance,PROP=Property, FKEY=Feature Key 和 PTYP=Publicaton Type (Xa21[gene name] rice[organism] complete cds)
BLAST_ Basic Local Alignment Search Tool

多序列对位排列分析AND系谱分析
多序列比对ClustalW——(点击“Send to MAS Hub”,在“MAS Input”框中复制取得Fasta格式的序列排列结果)
颜色突出多序列比对及族谱树Align Sequences using ClustalW2——(点击“Show as Phylogram Tree”展示系谱树), 将“Guide tree file”以.dnd格式保存, 打开TreeView软件,open以.dnd格式保存的文件。
多序列比对上色

基因预测
基因预测和基因结构分析SoftBerry - FGENESH
以三种模式生物作为对照预测基因结构New GENSCAN Web Server at MIT
真核基因预测 Eukaryotic GeneMark.hmm
分析转录因子结合位点proscan
分析启动子位点BCM Search Launcher——(选择NNPP-Eukaryotic eukaryotic promoter prediction)
转录启动子SIB-EPD The Eukaryotic Promoter Database
真核生物启动子分析BDGP_ Neural Network Promoter Prediction
序列处理在线工具包(SMS)生物软件网翻译版
PLACE, Plant Cis-acting Regulatory DNA Elements 预测顺式作用元件
PlantCARE, a database of plant promoters and their cis-acting regulatory elements
Plant Cis-acting Regulatory DNA Elements
PlantTFDB - Plant Transcription Factor Databases @ CBI, PKU
转录因子结合位点
蛋白分析
蛋白质的分子量和等电点预测ProtParam
蛋白质疏水性分析ExPASy - ProtScale Hydropathicity>0,疏水;<0,亲水。
蛋白质重复序列分析 REP - V 1.1
蛋白质的a-螺旋和b-折叠结构 nnpredict
蛋白质的二级结构SOPMA secondary structure prediction
蛋白质的二级结构psipred
蛋白质的二级结构 SSpro 4.0 Server
蛋白质的二级结构 PORTER
蛋白质的三级结构 SWISS-MODEL Workspace
蛋白质的三级结构 CPHmodels-3.0 Server
蛋白质的三级结构预测 MODELLER
蛋白质的coiled coil(卷曲螺旋)位点Paircoil2
蛋白质卷曲螺旋 COILS Server
蛋白质结构域SMART
蛋白质结构域分析InterProScan
蛋白质结构域、家族功能数据库PROSITE
蛋白质结构数据库RCSB Protein Data Bank(PDB)
蛋白质结构数据库(PDB)中检索同源蛋白质的结构SWISS-MODEL 膜蛋白GPI位点分析GPI Modification Site Prediction
蛋白质信号肽及其剪切位点预测SignalP
蛋白质O连接糖蛋白分析NetOGlyc 3.1 Server
蛋白质N连接糖蛋白分析NetNGlyc 1.0 Server
蛋白质磷酸化位点的数据库
蛋白质亚细胞定位 TargetP 1.1 Server
蛋白质亚细胞定位 PSORT WWW Server
蛋白质亚细胞定位 MultiLoc _ TargetLoc
蛋白质亚细胞定位PSORT Prediction
蛋白质化学因子作用位点PeptideCutter
蛋白质跨膜预测SOSUI
蛋白质跨膜预测 TMHMM Server, v. 2.0
蛋白质 跨膜预测 较好的
画蛋白质跨膜图-Protter
蛋白保守区功能预测 NCBI Conserved Domain Search
UniProtKB
UniProt蛋白质数据库
Motif 分析 MEME - Submission form
其他数据库
植物基因组下载Ensembl Plants
Pfam基因家族数据库: Search Pfam
植物(Botanical Database)——(药用植物、食用植物、植物化合物)
Rice 水稻基因组数据库 MSU
水稻组基因芯片数据库 CREP-Query
The Rice Expression Profile Database
Plant MicroRNA Database
MicroTar_ microRNA Target Prediction _ Home
RiceGE_ Rice Functional Genomic Express Database
水稻突变体RMD数据库
Rice Information MH63-ZS97
Rice promoter visualization
DRTF -- Database of Rice Transcrption Fators
TAIR 拟南芥数据库
CAZy - Home
MaizeGDB 玉米数据库
棉花数据库 Cotton Genome Database
miRNA数据库~miRBase
Plant Genome Duplication Database
STRING蛋白质互作
APID蛋白质互作数据库
BioGRID蛋白质互作数据库
BLAST互作
BOND蛋白质互作数据库
QTL数量遗传标记Gramene QTL Database

家禽、家畜的基因组数据库——猪(pig)鸡(chicken)马(horse)猫(cat)tillapia 火鸡(tuekey) 鹿(deer)羊(sheep)鲑 鱼(salmon) 牛(cattle)
Primer3 Input (version 0.4.0)
e-PCR定位DNA在染色体上位置 e-PCR _ Forward search
代谢、遗传等路径图KEGG PATHWAY Database
SRS微卫星序列分析SRS@EBI
FAS Perl小工具
DNA -_ Protein小工具
维基百科

作图网页
维恩图 Draw Venn Diagram
水稻基因在染色体 Chromosome Map Tool ツール@Oryzabase
美化系统发育树 iTOL_ Interactive Tree Of Life
基因结构 Gene Structure Display Server
GO分析 agriGO - analysis tool
进化树替代模型选择 ModelTest Server

 

农作物比较基因组学分析 Gramene禾本科植物比较基因组库

Gramene 数据库:水稻(rice)、大麦(berley)、小麦(wheat)、玉米(maize)、燕麦(oat)、高粱(sorgheum)
在Map网页选择物种然后点击“ChangeSpecies”
在 rice map网页选择map类型后点击“Show Selected Set’s Maps” ,在新网页选择染色体的编号,点击“Draw Maps”显示这条染色体 ,点击“Show Comparison Menu”,显示比较染色体的选择栏目 ,选择1条或两条比较的染色体,点击“Redraw Mpa”显示比较图 ,可以继续比较新的染色体

查看遗传连锁图

分子标记 Gramene Markers Database
输入编号,然后搜索——在得到的收索结果中选择maker第一条——type一栏显示为分子标记类型,Details 中的source tissue 一栏显示为组织——点击sequance可以看到序列说明序列已知,并且在序列的最前段可以看到序列号。点击“对应QTL遗传连锁图Map下的数字”可以看到紧密连锁(两侧)信息。
方法1
在Map网页选择物种然后点击“ChangeSpecies”
在rice map网页选择map类型后点击“Show Selected Set’s Maps”
在染色体网页可单击每个分子标记查看相关资料以及分子标记中的其它内容。也可以在该网页选择查看其它染色体。
方法2 SoyBase(大豆分子育种相关数据库,包括遗传图谱、基因、分子标记、QTL 等信息)
选择染色体图片种类和染色体,查看分子标记相关信息
方法3 GrainGenes麦类作物基因组数据库
选择染色体图片种类和染色体,查看分子标记相关信息

在遗传连锁图上定位基因

1.blastn 检索与它同源的基因组序列是否具有分子标记信息
2.查询同源序列是否具有通用分子标记信息
3.根据已定位分子标记以及与它相邻的分子标记在已知遗传连锁图上的位置,在特定遗传连锁图上定位这条cDNA序列

检索QTL数据

方法1——Simple Search:
右上角选择QTL,输入关键词,查看结果目录,查看QTL位置、相关信息
物种数据库选:QTL――种类――QTL目录,注释――QTL在染色体的位置。
方法2——Power Search:
在QTL数据库网页选择一种性状
某一性状QTL的目录
具体性状QTL目录和注释
QTL 的在染色体上的位置

查看突变体(mutant)信息

Gramene 数据库
在Gramene 数据库的“Quick Search”栏目输入“mutant”检索
在Gramene Mutant Genes Database网页的“Search or Browse”内容处点击“here”
在Mutant Search网页输入关键词或按字母顺序查询


核酸序列的其他分析方法(BioEdit)

确定DNA序列的分子量和碱基组成

1、打开要分析序列的文件并copy序列,在BioEdit分析工具的“File”栏目选择“New from Clipboard”粘贴序列
2、选择被粘贴序列的名称,在“Sequence”栏目点击“Nucleic Acid→Nucleotide Composition”

序列变换

1、在本地计算机上利用BioEdit工具进行分析
2、打开要分析序列的文件并copy序列,在BioEdit分析工具的“File”栏目选择“New from Clipboard”粘贴序列
3、选择被粘贴序列的名称,在“Sequence”栏目点击“Nucleic Acid→Complete”获得互补序列、“Nucleic Acid→Reverse Complete”获得反向互补序列、“Nucleic Acid→DNA-RNA”获得RNA序列
4、在“Edit”栏目选择“Copy Sequence to clipboard (Fasta Format)”将获得的序列粘贴到另一个文件

翻译全长DNA序列

1、打开要分析序列的文件并copy序列,在BioEdit分析工具的“File”栏目选择“New from Clipboard”粘贴序列
2、选择被粘贴序列的名称,在“Sequence”栏目点击“Nucleic Acid→Translate →Frame 1”获得氨基酸序列

分析限制性内切酶(restriction endonuclease)消化位点

1.在本地计算机上利用BioEdit工具进行分析
2.打开要分析序列的文件并copy序列,在BioEdit分析工具的“File”栏目选择“New from Clipboard”粘贴序列
3.选择被粘贴序列的名称,在“Sequence”栏目点击“Nucleic Acid→Restriction Map” ,在“Create Restriction Map”页面中选择限制性内切酶种类、选择阅读框等后点击“Generate Map”
4.分析结果

 

 


 

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